Tümör Hücrelerini Farklılaştırabilen Yeni Araç Geliştirildi

Yazar Mehmet Dursun

Texas Üniversitesi MD Anderson Kanser Merkezi araştırmacıları, büyük tek hücre RNA dizileme bilgi setlerini tahlil etme konusunda yeni bilgisayımsal teknik geliştirdi. Geliştirilen bu yeni teknik sayesinde, tümör örneklerinde bulunan çeşitli olağan hücrelerle kanser hücrelerinin bilgileri daha gerçek bir biçimde farklılaştırılabiliyor.

CopyKAT ismi verilen yeni araç, büyük tek hücre RNA dizileme deneylerinden elde edilmiş karmaşık dataları daha kolay bir formda incelenmesini sağlıyor. Tek hücre RNA dizileme deneyleri, binlerce tekil hücreden gen ekspresyonu bilgilerinin alınmasını sağlıyor.

Kanser hücreleri ve olağan hücreleri ayrıştıran araç

CopyKAT ismindeki bu araç, birçok kanserde yaygın görülen olağandışı kromozom sayılarına bakmak için gen ekspresyon bilgilerini kullanıyor. Araç, ayrıyeten kanser hücrelerindeki bariz alt popülasyonları ya da klonları da belirlemeye yardımcı oluyor.

Nature Biotechnology’de yayınlanan araştırmanın muharrirlerinden Nicholas Navin, çeşitli data setlerinde bu aracı kullanarak karışık tümör örneklerinde tümör hücreleriyle stromal hücrelerini %99 doğrulukla tespit edebildiklerini gösterdiklerini söyledi. Navin, daha sonra alt klonların varlıklarını keşfetmek ve genetik farklılıklarını anlamak için bir adım daha öteye gidebildiklerini tabir etti.

Tümör Hücrelerini Farklılaştırabilen Yeni Araç Geliştirildi - tumor hucrelerini farklilastirabilen yeni arac gelistirildi 0 iA2LT8gV

Geliştirilen CopyKAT algoritması, doğruluk oranını arttırarak ve yeni kuşak tek hücre RNA dizileme verileri için ayarlanarak bu alanda kullanılan eski tekniklerin üstüne büyük bir gelişme koymuş oldu. CopyKAT, farklı kanser hücreleriyle yapılan testlerde karışık örneklerdeki tümör hücreleriyle kanser hücrelerini başarılı bir biçimde ayrıştırabildi.

Araştırmanın muharrirleri, geliştirdikleri bu aracın kanser alanındaki yeni keşifler için kullanışlı olmasını umut ettiklerini lisana getirirken bu aracın araştırmacıların kullanımına da büsbütün açık olduğunu belirtti. Fakat müellifler, bu aracın tüm kanser cinsindeki çalışmalara uygulanabilir olmadığını da lisana getirdi.

Related Posts

Leave a Comment